Główną bohaterką powieści jest dziewięcioletnia Mary Lennox. Dziewczynka urodziła się w Indii, skąd przyjeżdża do Anglii do swojego wuja po nagłej śmierci swoich rodziców. Wielki dom wuja otoczony jest tajemniczym ogrodem, którego część jest ogrodzona i dla nikogo niedostępna. Mary udaje się znaleźć klucz do zamkniętej części ogrodu, gdzie poznaje syna wuja Colina. Colin jest bardzo nieszczęśliwym i nieznośnym dzieckiem, żyje w przekonaniu, że jest ciężko chory. Pod wpływem Mary i coraz częstszych wypraw do tajemniczego ogrodu chłopiec się zmienia, nabiera zdrowia, urody, radości życia. Zmienia się także Mary, samolubna brzydula przemienia się w piękną i szlachetną dziewczynę.
