Cora jest niewolnicą w trzecim pokoleniu na plantacji bawełny w stanie Georgia i należy do najniższej kasty. Jej życie nie jest łatwe, a będzie jeszcze gorzej, bo lada moment z dziecka stanie się kobietą. Kiedy Ceasar, przybyły z Wirginni najświeższy nabytek plantatorów, opowiada jej o podziemnej kolei, oboje decydują się zaryzykować ucieczkę. Po piętach depcze im pościg, a schwytanie oznacza los gorszy od śmierci...
Tytułowa kolej podziemna to określenie stworzonej przez abolicjonistów sieci przerzutowej zbiegłych czarnych niewolników z południowych stanów Ameryki głównie na północ do Kanady, a także do Meksyku. Na ten skomplikowany system ucieczkowy składały się drogi, tunele, szlaki, bezpieczne kryjówki, ale też ludzie - przewodnicy, sponsorzy, zarówno organizacje, jak i społeczności. Nazewnictwo kolejowe tworzyło tajny kod, jakim posługiwalisię uciekinierzy i abolicjoniści. Do sekretnego języka dochodził też system tajnych znaków graficznych. Kolej podziemna jednoczyła czarnych i białych w walce o wolność, godność i prawa człowieka.
Whitehead odsłania przed czytelnikami tajniki systemu przerzutowo-ratunkowego dla zbiegłych niewolników, odtwarzając jego misterną konstrukcję i ucieczkowe szlaki. Ale w jego powieści ten organizacyjny majstersztyk, pozwalający zbiegłym niewolnikom odnaleźć wolność na północy, zyskuje także metaforyczny wymiar. Cora, niczym mityczny Odyseusz lub swiftowski Guliwer, odwiedza w swojej podróży kolejne krainy, z których każda przeraża i zadziwia bardziej niż poprzednia. Poszukuje bezpiecznej przyszłości, ale też rozprawia się z przeszłością, która wciąż jest dla niej więzieniem. Poznając samą siebie, dowiaduje się sporo o ludzkości jako takiej.